Hvis vi husker, at en pakke er en navngiven samling af klasser, er det nærliggende at tænke på, hvordan filer er organiseret i underkataloger på et filsystem.

En klasse svarer til en fil på filsystemet

En pakke svarer til et underkatalog på filsystemet

For eksempel findes klassen java.util.Vector som filen Vector.class i et katalog, der hedder util, som er et underkatalog til et katalog, der hedder java: java/util/Vector.class (i DOS og Windows som: java\util\Vector.class).

Ofte er klasserne og katalogerne pakket sammen i et såkaldt Java-arkiv (.jar-fil). jar-filer minder meget om zip-filer.

Oversætteren skal kende pakkens fysiske placering i filsystemet:

1. Som et underkatalog med samme navn som pakken.
2. I et underkatalog med samme navn som pakken et andet sted i filsystemet, som der henvises til med CLASSPATH-variablen.
3. I en jar-fil, som der henvises til med CLASSPATH-variablen.

CLASSPATH-variablen er en miljøvariabel, der minder om PATH-variablen (defineret i AUTOEXEC.BAT i DOS). Den angiver de steder, hvor oversætteren skal lede efter klassedefinitioner.